廣東南昆山生態旅游區屬九連山山脈伸入龍門縣的支脈，位于龍門斷陷盆地的西北邊緣，大地構造屬華南準地臺中的桂湘粵褶皺帶粵中褶皺束的一部分，廣州-從化斷裂與東江斷裂分別從兩側外圍穿插而過。在晚古生代之前以陸地為主，僅局部洼地為淺海。構造以斷裂為主，其構造線方向主要為北東向和北西向，東西向構造也較發育。斷裂構造是控制本區地貌形態，河流流向等的主要因素。

地質構造處于華南褶皺的粵中拗陷構造單元內，在九連山脈南部與青云山接合，主要有高山、峽谷和河谷平地3種地貌類型。山地主要受第三紀以來喜馬拉雅運動及新構造運動的抬升作用形成，最高峰天堂頂海拔1210m。