南昆山生態旅游區內有269種陸生脊椎動物，隸屬4綱29目76科，其中兩棲綱26種；爬行綱54種；鳥綱139種；哺乳綱50種。其中東洋界種類有208種；古北界種類23種；廣布種38種。另記錄水生脊椎動物魚類27種，隸屬5目11科。另有32種國家重點保護動物，其中國家一級保護動物3種：蟒蛇、云豹、林麝；國家二級保護動物29種。云豹和林麝屬于我國“野生動植物保護和自然保護區建設工程”確定的十五類重點保護物種。另有191種陸生脊椎動物屬于“國家保護的有益的或者有重要經濟、科學研究價值的陸生脊椎動物”。有29種陸生脊椎動物被列入《瀕危野生動植物種國際貿易公約》。有19種陸生脊椎動物屬中國特有種。