南昆山生態(tài)旅游區(qū)內(nèi)水資源豐富，水量充沛、常年不竭，是龍門縣水力資源的“富集區(qū)”。區(qū)內(nèi)有中小型水庫3座，較大的七仙湖水庫，水面面積17.3hm²，最大庫容1920萬m³，另有北坑水庫和萬馬坪水庫2座小型水庫。區(qū)內(nèi)的主河是南昆河（全長18.5km），發(fā)源于以天堂頂為代表的西部山谷，水量充沛，四季長流，由眾多溪流匯合而成，其中流量較大的有：甘坑河（長5.0km）、藍(lán)輋河（長3.9km）、橫坑河（長4.5km），3條溪流交匯于十字水（包括雞心石水、蘇茅坪河，總長13km）匯入南昆河，再經(jīng)過南昆河流入梅洲水庫。季節(jié)性降水是溪流的主要水源，由于降水分配不均，溪流年內(nèi)水位差異較大，最高水位一般出現(xiàn)在4-7月，7月以后降水較少，河流流量小，水位降低，進(jìn)入枯水季節(jié)。

區(qū)內(nèi)地下水以孔隙水和裂隙水為主，由于該區(qū)地處亞熱帶潮熱氣候區(qū)，雨量豐富，森林密布。區(qū)內(nèi)巖土體保水性及持水性均較好，根據(jù)區(qū)內(nèi)產(chǎn)出的巖土體的性質(zhì)、地下水的賦存條件，地下水類型分為松散巖類孔隙水、強(qiáng)風(fēng)化巖孔隙裂隙水、層狀巖類裂隙水、塊狀巖類裂隙水，井泉和蒸發(fā)、蒸騰是主要排泄途徑。枯水季節(jié)，空隙水和裂隙水將是生活和工農(nóng)業(yè)用水的后備基地。